Durante las pruebas del algoritmo genético para la diagnosis espectroscópica, me encontré con dos problemas que no dependían de mi algoritmo, sino del entorno de ejecución.

El primero de ellos fue la conexión a Internet de mi casa. Mi conexión se cae cada dos por tres. Si ejecuto el algoritmo genético (es un programa en python) en la conexión ssh al supercomputador, el programa finaliza de forma incorrecta al interrumpirse la conexión. Para evitarlo utilicé el programa nohup. Este programa estándar de UNIX desliga un proceso de su terminal, de modo que aunque el shell o la conexión se corten, el proceso sigue ejecutándose. Esto solucionó el primer problema.

El segundo problema fue el autologout del shell bash. A pesar de ejecutar el programa con nohup, mi nohup ejecutaba un script bash que es el que realmente ejecutaba el algoritmo genético python:

$ nohup run.sh

El script bash run.sh es algo parecido a esto:

#!/bin/bash
NI=200
./clean.sh
python algoritmo.py parametros

La forma de solucionar el autologout fue mediante una variable de entorno llamada TMOUT. Si se pone a 0, el bash nunca hace autologout por falta de actividad de entrada/salida.

El script bash run.sh quedó de este modo:

#!/bin/bash
TMOUT=0
NI=200
./clean.sh
python algoritmo.py parametros

Esto solucionó mis problemas y ya tengo el algoritmo genético ejecutándose y diagnosticando en el Supercomputador de Canarias.

El proyecto de tesis doctoral es el documento que escribes al comienzo del primer año de cursos de doctorado y que presentas cuando pides las becas para hacer el doctorado. Puesto que en principio no tienes mucha idea de lo que vas a hacer en los próximos cuatro años, este proyecto puede ser muy, muy amplio. En mi caso mis tutores han logrado centrar la idea de la tesis en torno a un tema importante para la fí­sica de plasmas (y que a mi me parece muy atractivo): la diagnosis espectroscópica.

El tí­tulo completo viene a ser: Diseño e implementación de un paquete computacional de alto rendimiento para el análisis de propiedades radiativas y la diagnosis espectroscópica de plasmas bajo condiciones de no-equilibrio. En el proyecto, que será multidisciplinar, trabajaré tanto con conceptos fí­sicos como con herramientas informáticas.

El cálculo de propiedades radiativas es un tema en el que el grupo GIRMA lleva trabajando varios años y su código Abako, que modela el comportamiento teórico del plasma, se encuentran al nivel del código de varios grupos de invetigación muy potentes, como atomic, flychk o averroes. Las propiedades más interesantes son las emisividades y opacidades de los plasmas y la caracterización de plasmas heterogéneos (varios elementos quí­micos).

En cuanto a la diagnosis espectroscópica, consiste en diagnosticar o calcular la temperatura y densidad electrónica del plasma a partir de su espectro y otros datos experimentales.

Esta es una noche de posts, asi que alguno más saldrá al cabo de un ratito.